Как правильно организовать дерево форума?
Какое оптимальное количество разделов считается нормой и есть ли какие-то ограничения?
Количество разделов зависит от темы вашего форума и от того, насколько узко вы хотите его кластеризировать.
Я бы не советовал создавать большое количество разделов с еще большим количеством подразделов. Это только запутает пользователя и он будет оставлять вопросы не там, где это требуется.
Я считаю, что пять-шесть разделов вполне достаточно. При это обязательно надо делать раздел «беседка» или флуд, где народ сможет общаться на любые отвлеченные темы, не засоряя основные разделы.